Cet organisme, le Thomas Jefferson National Accelerator Facility, est géré pour le DOE par l'association Jefferson Science Associates (JSA) qui regroupe des universités de la région sud-est des États-unis, a pour mission principale la recherche sur le noyau atomique à l'échelle du quark. Il héberge l'accélérateur CEBAF (Continuous Electron Beam Accelerator Facility) à Newport News (Virginie).